比基尼海滩突然遭遇反常的暴风雨和烈日交替，所有生物陷入恐慌。蟹老板发现，这一切源于蟹堡王秘方中一种叫“海神椒”的成分被偷走，而这种辣椒竟能控制海洋气候。海绵宝宝和派大星自告奋勇前往深海“失落之城”寻找唯一的海神椒树。一路上，他们遭遇了伪装成珊瑚的陷阱、会唱歌的海马怪物，还误入了痞老板的克隆军团基地。在最后关头，海绵宝宝用吹泡泡绝技破解了谜题机关，却发现偷走辣椒的是被误解的珊迪——她只是为了给生病的花生树做解药。最终，大家共享秘方，比基尼海滩恢复了平静。
延续了原作的疯狂想象力，节奏明快得让人来不及眨眼。海神椒的设定既荒诞又自洽，结尾对环保和分享的温柔点题，让笑声里多了几分暖意。派大星那句“我们本来就不聪明，所以不怕失败”成为点睛之笔。
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